Przewodnik po Sanktuarium - Kościół Dolny
Kaplica Kapłańska
Kaplica została zaprojektowana na wzór krypty św. Leonarda z katedry Zamku Królewskiego na Wawelu, w której w 1946 r. ks. Karol Wojtyła odprawił swoją prymicyjną Mszę św.
W kaplicy znajduje się płyta z grobu Jana Pawła II pochodząca z Grot Watykańskich Bazyliki św. Piotra w Rzymie, którą po beatyfikacji Ojca Świętego otrzymało w darze krakowskie Centrum. Możemy tu również zobaczyć relikwiarz z krwią papieża wykonany na wzór otwartego Ewangeliarza, którego strony przewracał wiatr w czasie pogrzebu Jana Pawła II.
W gablotach na ścianach prezentowane są najcenniejsze pamiątki po Ojcu Świętym i przedmioty, których używał. Wśród nich znajduje się m.in. papieski krzyż pastoralny, ornat wraz z mitrą oraz krzyż przed którym modlił się Jan Paweł II w swojej prywatnej kaplicy w czasie ostatniej za życia drogi krzyżowej w rzymskim Coloseum w 2005 r.
Kaplica jest szczególnym miejscem modlitwy za kapłanów. W dni powszednie, w kaplicy odprawiana jest Msza św. o godz. 8.00.
Istnieje możliwość odprawienia w niej Mszy św. indywidualnie przez grupy pielgrzymkowe lub na życzenie księży.