Przewodnik po Sanktuarium - Kościół Górny

Kościół  górny poświęcił 23 czerwca 2013 r. ks. kard.  Stanisław Dziwisz, w obecności przedstawicieli Episkopatu Polski.
Podobnie jak jego dolna część, powstał on na planie ośmioboku. W wykończeniach wnętrza dominuje kamień oraz beton architektoniczny. Zastosowane rozwiązania zbliżają go do stylu architektury Rzymu i Krakowa.
W ołtarzu głównym i na bocznych ścianach znajduje się dekoracja mozaikowa - dzieło o. Marko Ivana Rupnika SJ - uznanego w świecie artysty słoweńskiego pochodzenia, twórcy mozaik m. in. w krypcie nowego kościoła w San Giovanni Rotondo we Włoszech.
Wokół nawy głównej rozmieszczono 4 kaplice główne (adoracji, chrzcielna, MB Częstochowskiej oraz MB Fatimskiej), a także znajdujące się za prezbiterium kaplice Nazaretańską, Betlejemską oraz krzyżową.
Do świątyni prowadzą odlane z brązu drzwi przedstawiające postać Jana Pawła II, któremu towarzyszą święci i błogosławieni wyniesieni przez Niego na ołtarze. Obok  Ojca Świętego stoją: św. Siostra Faustyna, Sługa Boży Jerzy Ciesielski, św. Joanna Beretta Molla, bł. Pier Giorgio Frassati, bł. Jerzy Popiełuszko oraz św. Brat Albert.
Od zewnątrz kościół wita ozdobnym portykiem - frontonem, na którym widnieją wykute w języku łacińskim słowa Jana Pawła II, które wypowiedział w czasie pierwszej pielgrzymki do Polski: „Nie lękajcie się!. Otwórzcie drzwi Chrystusowi”.